L’antica città di Tharros sorge all’estremità meridionale della Penisola del Sinis. Fondata nel VII secolo a.C., probabilmente per iniziativa di Cartagine, in un’area già frequentata in età nuragica e in età punica, divenne una delle città più importanti del Mediterraneo. Successivamente passò sotto Roma sino al periodo bizantino, quando la città venne abbandonata.

L’arrivo dei Cartaginesi e la fondazione della città coincidono con un momento di straordinaria attività coloniale in tutto il bacino occidentale del Mediterraneo. Non conosciamo tuttavia l’esatta ubicazione del primo nucleo, che certo non doveva avere carattere di monumentalità, ma abbiamo alcune testimonianze sulla divisione in veri e propri quartieri. Dove prima sorgeva il villaggio nuragico, si impiantò il tofet, tipico santuario punico a cielo aperto in cui i resti incinerati di bambini erano deposti all’interno di urne in terracotta, talvolta accompagnate da stele in arenaria. Fin da questo periodo sono in uso contemporaneamente due necropoli, ubicate a una distanza di qualche chilometro l’una dall’altra: quella più nota è posta sul Capo San Marco, l’altra, mai indagata in maniera sistematica, si trova oggi all’interno del villaggio moderno di San Giovanni di Sinis, caratterizzate da centinaia di tombe a fossa e a camera. Proviene proprio da queste sepolture la maggior parte dei manufatti (ceramiche, terrecotte, gioielli, amuleti, scarabei) custoditi presso i maggiori musei nazionali e stranieri.

Nei secoli successivi avviene la monumentalizzazione della città con la realizzazione di imponenti fortificazioni, che proteggevano la città da possibili attacchi da terra e da mare e che racchiudevano il santuario tofet al suo interno. All’età punica sono da riferire anche alcuni tra i più importanti luoghi di culto di Tharros, tra cui il cosiddetto “tempio delle semicolonne doriche”.

A partire dalla conquista romana della Sardegna, avvenuta nel 238 a.C., inizia un processo di profondo cambiamento urbanistico che si conclude in età romano-imperiale. Si sistemano le fortificazioni, le strade vengono dotate di una pavimentazione in basalto e viene realizzato un sistema fognario molto articolato per lo smaltimento delle acque. Vengono edificati numerosi edifici pubblici monumentali: tre impianti termali, l’acquedotto, i cui resti sono in parte visibili lungo la strada moderna che conduce agli scavi e a cui viene connesso il cosiddetto castellum aquae, un grande edificio posto al centro della città interpretato come deposito. Le sepolture di età romana compaiono lungo l’intera fascia costiera tra il Capo San Marco e il villaggio di San Giovanni e nell’area compresa tra la chiesa di San Giovanni e la costa.

Al periodo bizantino risalgono le testimonianze cristiane, con la trasformazione di una delle terme in edificio cultuale cristiano.

Il continuo spoglio delle strutture antiche, perpetrato per secoli, ha notevolmente pregiudicato la ricostruzione delle ultime fasi della storia della città. Sappiamo di una lenta decadenza, dovuta anche alle incursioni dei Saraceni, e di un progressivo spopolamento, sebbene la sede episcopale sia rimasta sino al 1071, quando venne trasferita a Oristano, che era divenuta anche capitale giudicale, decretando così la fine del centro antico.